Stacjonarne studia II stopnia na kierunku Biofizyka trwają 4 semestry (2 lata), kończą się zrealizowaniem pracy magisterskiej i uzyskaniem tytułu magistra biofizyki. Pierwsze dwa semestry studiów są wspólne dla wszystkich specjalności. Pod koniec pierwszego semestru studenci dokonują wyboru jednej z trzech specjalności.
Biofizyka jest kierunkiem o charakterze interdyscyplinarnym. Podczas studiów studenci pogłębiają wiedzę i umiejętności w ramach tzw. przedmiotów wspólnych: z zaawansowanej matematyki wyższej, matematycznych podstaw modelowania komputerowego, w tym pracowni modelowania komputerowego prowadzonej przez cały okres studiów, biofizyki molekularnej. Uzyskuje wiedzę z anatomii człowieka, wpływu zjawisk elektrycznych i magnetycznych na organizmy żywe oraz naturalne i sztuczne źródła promieniowania w środowisku człowieka. Ma możliwość wysłuchania wykładów o najnowocześniejszych zastosowaniach nanomateriałów w biologii i medycynie czy o fizyce biomateriałów.